Organigram
Het Vlaams Instituut voor de Zee (VLIZ) is een autonoom instituut met de rechtspersoonlijkheid van een vzw.
Het ontvangt een jaarlijkse toelage van het Vlaamse Gewest, meer bepaald van het Departement Economie, Wetenschap en Innovatie (EWI), en van de provincie West-Vlaanderen.
Het hoogste bestuursorgaan van het VLIZ is de Algemene Vergadering. De vereniging wordt bestuurd door het Bestuur, en wordt in haar dagelijkse werking aangestuurd door de Algemene Directie.
Om de wetenschapsondersteunende taken vorm te geven en bij te sturen wordt meermaals per jaar overleg gepleegd met een vast team van wetenschappers in de Wetenschappelijke Commissie, die het Bestuur adviseert over alle wetenschappelijke aspecten van de VLIZ-werking.
Interne organisatie
Het VLIZ is intern georganiseerd in vier departementen (Centraal Ondersteunende Diensten, Wetenschapsondersteuning, Valorisatie en Innovatie, en Onderzoek) die elk een aantal afdelingen omvatten.