Sinds de oprichting van VLIZ is haar centrale taak het ondersteunen van marien wetenschappelijk onderzoek in de breedste zin van het woord en het zichtbaar en toegankelijk maken van dit onderzoek. De samenwerking met universiteiten, onderzoeksinstellingen en individuele onderzoeksgroepen in binnen- en buitenland wordt daarom voortdurend versterkt.
VLIZ heeft ongeveer 30 samenwerkingsovereenkomsten met universiteiten, individuele onderzoeksgroepen, wetenschappelijke instellingen, netwerkorganisaties en overheidsinstanties, waarvan sommige al van kracht zijn sinds de start van VLIZ. Deze samenwerkingsovereenkomsten verzamelen praktische afspraken en actiepunten ter ondersteuning van gegevensbeheer, verspreiding van onderzoeksresultaten, documentatie van de activiteiten en contactgegevens van onderzoeksgroepen, gebruik van onderzoeksinfrastructuur, enz.
Op geregelde tijdstippen bezoekt een team van VLIZ-medewerkers deze onderzoeksgroepen om de noden en wensen beter te detecteren en de lopende samenwerkingsovereenkomsten te evalueren. Daarnaast worden verschillende andere wetenschappelijke groepen bezocht om informatie uit te wisselen over activiteiten en diensten en om mogelijke samenwerking proactief te stimuleren.