VLIZ werkt vooral samen met instellingen die gehuisvest zijn op de InnovOcean-campus. Op de campus zijn verschillende andere maritieme instellingen gevestigd:
Projectbureau voor IODE: Het UNESCO/IOC Project Office for IODE is het belangrijkste opleidingscentrum van het IODE-programma wereldwijd. Als speciale missie is het VLIZ sinds 2005 verantwoordelijk voor de huisvesting en ondersteuning van het UNESCO/IOC Project Office for IODE.
European Marine Board: De European Marine Board is een pan-Europees platform van mariene wetenschappelijke organisaties gericht op het ontwikkelen van gemeenschappelijke prioriteiten en het overbruggen van de kloof tussen wetenschap en beleid. VLIZ heeft van het Vlaams Gewest het mandaat gekregen om het EMB-secretariaat te huisvesten en te ondersteunen.
Europees marien observatie- en datanetwerk (EMODnet): EMODnet, het Europees marien observatie- en datanetwerk, wil de rijkdom aan mariene waarnemingen ontsluiten en optimaal toegankelijk maken. VLIZ heeft van de Vlaamse regering de opdracht gekregen om het secretariaat van EMODnet te huisvesten en te ondersteunen.
Het Streekhuis Kust - Provincie West-Vlaanderen - Samenwerking Kustgebied: Het Streekhuis Kust versterkt het werk van de Provincie West-Vlaanderen aan de kust. Het Streekhuis is een ontmoetingsplaats voor overheden en regionale partners. We bieden ondersteuning aan lokale en regionale besturen en focussen op actuele kustthema's.
Het Streekhuis Kust - Erfgoedcel Kusterfgoed: De Erfgoedcel Kust houdt zich bezig met alles wat te maken heeft met cultureel erfgoed aan de kust.
InnovOcean Campus
De InnovOcean Campus in Oostende huisvest internationaal gerenommeerde instellingen die actief zijn in marien en maritiem onderzoek en onderzoeksondersteuning. De campus wordt beheerd door ILVO Marien.