15 / 12 / 2015
In de nasleep van de Empowering Biodiversity Research Conference (21 mei 2015, Brussel), waarvan VLIZ co-organisator was, werd door de partners een reeks workshops georganiseerd. Tijdens de workshops kwamen de tools aan bod waarvan sprake tijdens de conferentie en kon er via hands-on training en praktische oefeningen verder op ingegaan worden. Het is binnen dit kader dat het Vlaams Instituut voor de Zee de LifeWatch Data Analysis Workshop organiseerde in Oostende op 26 en 27 november 2015.
Het ultieme doel van de Europese LifeWatch infrastructuur is om het onderzoek van de biodiversiteit en ecosystemen te ondersteunen. LifeWatch kan eigenlijk aanzien worden als een virtueel laboratorium (e-infrastructure), waarin het uitwisselen en analyseren van gegevens vooral gebaseerd is op het gebruik van Web Services (diensten die communicatie tussen verschillende computers via het World Wide Web toelaten). Dankzij deze Web Services kunnen verschillende databanken en data systemen tegelijkertijd en in 1 centraal punt bevraagd worden. Ook in het kader van de LifeWatch Taxonomic Backbone, wordt een groeiend aantal Web Services ontwikkeld.
Verschillende Web Services kunnen ook na elkaar uitgevoerd worden, waarbij de uitkomst van de eerste Web Service als invoer dient voor de volgende Web Service, en zogenaamde workflows vormen. Deze workflows kunnen terugkerende taken voor de voorbereiding en analyse van gegevens automatiseren, en zo het werk van de wetenschapper heel wat vergemakkelijken.
Verschillende Europese LifeWatch-partners bouwden elk hun eigen virtueel labo (virtual lab), waarin verschillende Web Services en workflows worden opgenomen. Voorbeelden hiervan zijn het Belgian LifeWatch e-Lab en het RvLab van LifeWatch Griekenland, twee virtual labs die tijdens de workshop gebruikt werden. Alle afzonderlijke virtual labs zullen uiteindelijk geïntegreerd worden en zo de Europese LifeWatch infrastructuur vormen.
Het doel van de LifeWatch Data Analysis Workshop was om wetenschappers te overtuigen van de voordelen van Web Services, en om hen vertrouwd te maken met de reeds bestaande virtual labs en workflows binnen LifeWatch.
Vooraleer met dit alles te beginnen werd een pre-workshop georganiseerd over het gebruik van “R”, een statistisch platform dat veel gebruikt wordt door wetenschappers die onderzoek doen in biodiversiteit-gerelateerde disciplines. Tijdens deze pre-workshop, die bedoeld was voor wetenschappers die geen of weinig voorkennis hadden van dit statistisch programma, kregen de deelnemers een korte inleiding over het gebruik ervan via de open source software RStudio.
Nadien ging men van start met een algemene inleiding over Web Services: Wat zijn ze? Waar kan je ze vinden? Hoe kan je ze gebruiken? Enz. Na deze ietwat theoretische uiteenzetting, werden het LifeWatch Marine Virtual Research Environment (VRE) (een portaal dat alle mariene virtual labs binnen LifeWatch oplijst) en het Belgian LifeWatch e-Lab gedemonstreerd. De rest van de dag was gevuld met praktische, hands-on oefeningen waarbij het Belgian LifeWatch e-Lab gebruikt werd om gegevens te standaardiseren, kwaliteitscontrole van gegevens uit te voeren, en om aanvullende data op te halen.
Tijdens dag twee ging de workshop verder met de exploratie, verwerking en analyse van gegevens, waarbij gebruik gemaakt werd van RStudio en het RvLab, een tool ontwikkeld door LifeWatch Griekenland. Het RvLab ondersteunt een geïntegreerd en geoptimaliseerd online R platform.
De workshop werd bijgewoond door wetenschappers van verschillende universiteiten en instituten: het Vlaams Instituut voor de Zee (VLIZ, België), het Instituut voor Natuur-en Bosbouw Onderzoek (INBO, België), Universiteit Gent (België), Natuurpunt Studie (NPS, België), het Belgisch Mariene Data Centrum (BMDC), het Koninklijk Belgisch Instituut voor Natuurwetenschappen (KBIN), IOC-UNESCO (België), en het Hellenic Centre for Marine Research (HCMR, Kreta).
Alle cursusmaterialen van deze workshop zijn beschikbaar op de Belgische LifeWatch website:
Het ultieme doel van de Europese LifeWatch infrastructuur is om het onderzoek van de biodiversiteit en ecosystemen te ondersteunen. LifeWatch kan eigenlijk aanzien worden als een virtueel laboratorium (e-infrastructure), waarin het uitwisselen en analyseren van gegevens vooral gebaseerd is op het gebruik van Web Services (diensten die communicatie tussen verschillende computers via het World Wide Web toelaten). Dankzij deze Web Services kunnen verschillende databanken en data systemen tegelijkertijd en in 1 centraal punt bevraagd worden. Ook in het kader van de LifeWatch Taxonomic Backbone, wordt een groeiend aantal Web Services ontwikkeld.
Verschillende Web Services kunnen ook na elkaar uitgevoerd worden, waarbij de uitkomst van de eerste Web Service als invoer dient voor de volgende Web Service, en zogenaamde workflows vormen. Deze workflows kunnen terugkerende taken voor de voorbereiding en analyse van gegevens automatiseren, en zo het werk van de wetenschapper heel wat vergemakkelijken.
Verschillende Europese LifeWatch-partners bouwden elk hun eigen virtueel labo (virtual lab), waarin verschillende Web Services en workflows worden opgenomen. Voorbeelden hiervan zijn het Belgian LifeWatch e-Lab en het RvLab van LifeWatch Griekenland, twee virtual labs die tijdens de workshop gebruikt werden. Alle afzonderlijke virtual labs zullen uiteindelijk geïntegreerd worden en zo de Europese LifeWatch infrastructuur vormen.
Het doel van de LifeWatch Data Analysis Workshop was om wetenschappers te overtuigen van de voordelen van Web Services, en om hen vertrouwd te maken met de reeds bestaande virtual labs en workflows binnen LifeWatch.
Vooraleer met dit alles te beginnen werd een pre-workshop georganiseerd over het gebruik van “R”, een statistisch platform dat veel gebruikt wordt door wetenschappers die onderzoek doen in biodiversiteit-gerelateerde disciplines. Tijdens deze pre-workshop, die bedoeld was voor wetenschappers die geen of weinig voorkennis hadden van dit statistisch programma, kregen de deelnemers een korte inleiding over het gebruik ervan via de open source software RStudio.
Nadien ging men van start met een algemene inleiding over Web Services: Wat zijn ze? Waar kan je ze vinden? Hoe kan je ze gebruiken? Enz. Na deze ietwat theoretische uiteenzetting, werden het LifeWatch Marine Virtual Research Environment (VRE) (een portaal dat alle mariene virtual labs binnen LifeWatch oplijst) en het Belgian LifeWatch e-Lab gedemonstreerd. De rest van de dag was gevuld met praktische, hands-on oefeningen waarbij het Belgian LifeWatch e-Lab gebruikt werd om gegevens te standaardiseren, kwaliteitscontrole van gegevens uit te voeren, en om aanvullende data op te halen.
Tijdens dag twee ging de workshop verder met de exploratie, verwerking en analyse van gegevens, waarbij gebruik gemaakt werd van RStudio en het RvLab, een tool ontwikkeld door LifeWatch Griekenland. Het RvLab ondersteunt een geïntegreerd en geoptimaliseerd online R platform.
De workshop werd bijgewoond door wetenschappers van verschillende universiteiten en instituten: het Vlaams Instituut voor de Zee (VLIZ, België), het Instituut voor Natuur-en Bosbouw Onderzoek (INBO, België), Universiteit Gent (België), Natuurpunt Studie (NPS, België), het Belgisch Mariene Data Centrum (BMDC), het Koninklijk Belgisch Instituut voor Natuurwetenschappen (KBIN), IOC-UNESCO (België), en het Hellenic Centre for Marine Research (HCMR, Kreta).
Alle cursusmaterialen van deze workshop zijn beschikbaar op de Belgische LifeWatch website: