GA Genomics - Diepduiken in de genomische diversiteit van(meta)populaties
Landbouw en visserij steunt op of wordt beïnvloed (in positieve of negatieve zin) door populaties, zowel van specifieke planten (gewassen) of dieren (veeteelt, mariene soorten) of door zogenaamde metapopulaties bestaande uit verschillende micro-organismen. Deze (meta)populaties worden beïnvloed door en adapteren zich aan natuurlijke of antropogeen veroorzaakte omgevingsfactoren. Als gevolg hiervan kunnen deze populaties of metapopulaties specifieke eigenschappen vertonen die hetzij gewenst zijn zoals in het kader van gerichte veredeling of in het kader van het gunstig beïnvloeden van processen in landbouw en visserij (o.a. planten- of dierengezondheid, milieu- of klimaatvriendelijke landbouw en visserij), of ongewenst zijn zoals in het kader van het opduiken van invasieve of resistente soorten die processen in landbouw en visserij ongunstig beïnvloeden. In landbouw- en visserijonderzoek wordt bijgevolg dikwijls onderzoek gedaan naar het effect van omgevingsfactoren op de samenstelling en de functionaliteit van planten en dierenpopulaties en van microbiële gemeenschappen, alsook van de onderliggende mechanismen. In bepaalde gevallen kan deze kennis gebruikt worden om populaties van planten en dieren of metapopulaties van microbiële gemeenschappen zodanig te sturen dat zij ofwel de meest optimale ofwel de minst ongunstige biologische eigenschappen hebben. In andere gevallen wordt deze kennis gebruikt om beheersmaatregelen voor schadelijke organismen te ontwerpen of om micro-organismen te identificeren die contaminerende stoffen in de natuur kunnen degraderen. Hiermee betreden we het domein van de (meta)populatiedynamica, zowel qua samenstelling als functionaliteit. Op het ILVO wordt dit voor een aantal onderzoeksdomeinen momenteel onderzocht met eerder gerichte of klassieke technologieën die een partieel beeld geven van de onderzochte (meta)populaties. Met de recente opkomst van Next Generation Sequencing (NGS) technologieën (Genotyping-By-Sequencing (GBS), Targetted Resequencing, 16S metagenomics, Whole Genome Shotgun (WGS) metagenomics,) kunnen (meta)populaties nu echter op een efficiënte manier en met een hoge resolutie op samenstelling en functionaliteit gekarakteriseerd worden.